Перенос домена
 

Переезжаю на новый домен. Как быть с Сапой в этом случае?

Никак. Новый домен -- это новый сайт. Наращивайте пузомерки, ждите индексации яндексом, добавляйте в сапу.

Так а что делать с существующими ссылками? И как более грамотно переносить? Я хочу делать переадресацию 1 к 1, т.е. юзер зашёл на old.com/x/y/z.htm и его перекидывает на new.com/x/y/z.htm.

Ссылки в error выпадут естественно после того, как старый домен будет отключен.
Если хотите перенести (попытаться хотя бы) параметры старого домена на новый -- делайте склейку с помощью robots.txt для Яндекса, а потом редирект для Гугла.

в .htaccess пропишите через 301 перенаправление на новый домен, ну и как сказано выше, в роботсе укажите основной домен

Сначала второе, а месяца через два -- первое.