Как поставить ссылки сапы, если на сайте можно править только хтмл/яваскрипты?
 

Имеем:
1. Сайт в некой партнерке, когда нс-сервера сайта прописываются на нс-сервера парнерки
2. Вебмастер нормального доступа к сайту не имеет, свой пхп-код залить не может, htaccess поправить не может и т.п.
3. Партнерка дает поправить хтмл-код через свой веб-интерфейс, чтобы вебмастер мог повесить на свой сайт баннеры/яваскрипты

Имеем дополнительно:
Другой сайт/домен, на котором можно вытворять что угодно, если это хоть как-то поможет нашему делу

Вопрос:
Можно ли написать, например, яваскрипт, который как-нить извернется, сгенерит правильный код сапы и покажет его на сайте партнерки?

ни чего у Вас не выйдет...
создавайте нормальный сайт, а там хоть потоп...

то, что генерит яваскрипт, не индексируется поисковиками