Установка кода если два сайта в разных папках
 

Долгое время был сайт на самописном движке, человек,который писал и поддерживал сайт пропал, для дальнейшей работы было принято решение продолжить на другом движке (joomla), но так как страниц в поиске яндекса было много да и тиц был не маленький, создали папку \new\ в корне сайта и в неё залили joomla
в добавили .htaccess строчку RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f
RewriteRule !^new(/?|/.+)$ /new%{REQUEST_URI} [L]
и старые ссылки по старым адресам открывались отлично и новые тож работают.

Вопрос.
Как и куда добавить папку чтобы ссылки были на новом движке., а то индексируется только старый.

p.s. может был вопрос такой, но я не нашёл.

поставить код на новые страницы и заказать переиндексацию сайта в сапе

так и сделано, но индексируются только те что в корне сайта, а надо чтоб только те что в папке /new/ сайта.