По какой причине Яндекс накладывает фильтр
 

Яндекс наложил фильтр на сайт https://xn--66-9kcdou9afcq.xn--p1ai/
Был переписан текст, убрана явная переоптимизация, написаны уникальные тексты.
Но по некоторым запросам, сайт до сих пор находится под фильтром.
Например страницы https://xn--66-9kcdou9afcq.xn--p1ai/septik-dlya-dachi/, https://xn--66-9kcdou9afcq.xn--p1ai/...ategory/topas/ - никакой переоптимизации на этих страницах нет.
Может ли Яндекс накладывать фильтр за большой текстовый блок внизу страниц?

Скорее всего он просто его ещё не снял.

Кажется что нет, страницы новые. После индексации страницы были в поиске в топ-20. Через несколько апдейтов сразу улетели под фильтр.

Вашим страницам не хватает уникальных описаний - товаров, категорий.