Адрес ?
 

Подскажите, не могу понять, в чем причина.
Установил код на страницу.
Когда набираю адрес в таком виде:http://mysite.ru/
ссылки отображается.
Когда набираю адрес в таком виде:http://mysite.ru/index.php
ссылки не отображаются.
Как с этим бороться ?

Всё нормально. Бороться не нужно. Это разные URL.

А с этим нужно бороться?

Ссылки у вас покупают с одной страницы, а на другой они отображаться не должны.

Сделать навигацию по человечески - убрать с сайта ссылки на index.php

rusmk, если содержимое страниц одинаковое, то я бы рекомендовал удалить страницы с url index.php из системы

Понял, спасибо за подсказку.
Теперь уберу из внутренних ссылок на главную страницу- index.php.
Ещё раз спасибо, что успокоили, а то у страха глаза велики =)

делай mod_rewrite.