YAP и http://yandex.ru/search/advanced - дают разный результат
 

Почему так часто случается, что когда я кликаю на кнопку YAP то вижу: "Искомая комбинация слов нигде не встречается", вытаскиваю урл, вставляю его в поле "искать на этом сайте" в расширенном поиске яндекса и он прекрасно всё находит.

Чем это вызвано?

Вообще-то не должно. Вы уверены что ищете полный урл, а не его часть? Например такие знаки как ? и & в поиске трактуются некорректно. Проверьте в адресной строке.
Если все корректно - киньте урл в личку.

кинул урл.

Хм.. а на некоторые страницы этот YAP находит сразу два результата. Забавно..

У меня это находит по запросу YAP. Небольшие глюки иногда бывают.