после переиндексации новые страницы не добавляются, хотя на сайте их прибавилось.
 

Вроде не новичок, а разобраться не могу...
Когда то сайт только начинался, и я добавила его в сапу. Сейчас на сайте больше тысячи страниц, но в сапе - по-прежнему 58. Я ставила переиндексацию, новые страницы добавляются в раздел "контекстные ссылки", а в обычных - все те же 58 страниц.
В чем может быть проблема? Может у меня какая-то галочка не на месте стоит?

Это не единственный сайт в сапе, и на других этой проблемы нет, после индексации новые страницы добавляются.

можжет быть уровень вложенности большой?

а может на новых 942 стр. код сапы не стоИт?

Возможные причины неиндексации страниц вашего сайта нашим роботом описаны здесь http://help.sape.ru/sape/faq/185 , кроме того, изучите логи индексации площадки: ссылка "Индексация сайта" в закладке "настройки" площадки.