Скрипт в другой папке
 

Такой вопрос, обязательно ли чтобы скрипты распалагались в папке, которая указана по умолчанию? Если к примеру в другую папку поставить (но с нужными правами доступа), и тоже в корне сайта, и прописать в include ту папку, будет ли скрипт нормально работать?..
Нужно для автоматизации установки сайтов мне на моей cms..

будет нормально. Если все правильно сделать :)