Вы были правы произошел конфликт между файлами sape.php и SAPE.pm из-за того, что они ссылались на одну базу link.db я был вынужден разделить базы т.е. файл SAPE.pm ссылался на другой файл link.db который я вывел в отдельную папку. Результат ссылки sape.php отображаются нормально, а SAPE.pm нет. Вместе все в ERRORe. Пожалуйста подскажите решение, т.к. разделение не помогло возможно нужны еще другие настройки скорее всего система настроенна так, чтобы была одна база link.db

Так ссылки на перловых страницах не отображаются? Значит, вы с ними чего-то недокрутили. Там все просто, что вы сделали не так - удаленно понять довольно сложно. Начните установку сначала и опишите сюда все по шагам.

Установил файл SAPE.pm туда же где и sape.php
B файле SAPE.pm изменил путь
<--старый--> filename => "$ENV{DOCUMENT_ROOT}/$args{user}/link.db",

<--новый--> filename => "$ENV{DOCUMENT_ROOT}/$args{user}/perl/links.db",

Т.е я создал папку perl и указал путь туда
Файл link.db создался и в нем сообщение (проверьте код)

В самом перловом файле добавил код, как в инструкции

require "$ENV{DOCUMENT_ROOT}/96bf01ec3d1430f870903b6d53eeaa1f/SAPE.pm";
my $sape = new SAPE(
user => '96bf01ec3d1430f870903b6d53eeaa1f',

);
print $sape->get_links;

Насколько я понимаю, должно быть не просто user=> а все аргументы:

my $sape = new SAPE(
user => '<КОД_ЮЗЕРА>',
host => '<ИМЯ_ХОСТА>', # необязательно, по умолчанию:
$ENV{HOSTNAME}
charset => 'windows-1251', # необязательно, по умолчанию:
windows-1251
);

У вас так? Страница с этим вызовом этого кода открывается? Код что-нибудь выводит? Какой-нибудь комментарий или что-нибудь? Файл /perl/links.db заполняется ссылками?

Не все аргументы нужны! Там же написано: необязательно, по умолчанию то-то. Обязательным является только параметр user!

Файл perl/links.db появляется?

Кстати, менять filename нужно было не в SAPE.pm, а просто указать параметр filename к конструктору new SAPE.

my $sape = new SAPE(
user => '<КОД_ЮЗЕРА>',
filename => '...',
);

Файл links.db создался и внем появилась надпись:
__sape_new_url__||SAPE||<!--check code-->

Пробовал два варианта:
1. Изменял путь в файле SAPE.pm
filename => "$ENV{DOCUMENT_ROOT}/$args{user}/perl/links.db",

2. Изменял путь в перловом файле, а SAPE.pm оставлял без изменений
my $sape = new SAPE(
user => '<КОД_ЮЗЕРА>',
filename => '96bf01ec3d1430f870903b6d53eeaa1f/perl/links.db',
);

В обоих случаях тот же результат файл создается, но ссылки не отображаются

И все-таки, я бы для верности, прописал бы и host в списке параметров.

Прописал. Проблема не решилась все также

Все. Больше советов не будет. Надо анализировать как работает скрипт, вставлять в него "закладки" и ловить место, где он не срабатывает.

Решил вложить перловский файл (cgi) в html с помощью <!--#exec cgi="xxxx.cgi"-->
Дождусь переиндексации страниц в яндексе, затем индексации в SAPE и проблема будет решена.
К сожалению система пока не может работать сразу с php и perl, т.к. она требует чтобы был один файл links.db
Мое решение проверенно другими скриптами perl (когда небыло возможности установки SAPE.pm), которые я был вынужден вставлять в html - все нормально работает