Если есть в подборе площадок опция "Наличие в Yandex"
 

И я хочу чтобы так оно и было когда осуществляю подбор, то почему некоторые страницы все равно не в индексе?

Это постоянно. Вопрос? Нафига эта опция, которая никогда не работает корректно?

там галка - наличие САЙТА в яндексе.
А страницы вылетают постоянно. И постоянно возвращаются.
Тут на форуме Уфавеб программку выложил - юзайте и смотрите что покупаете.

В планах есть сделать автоматизированную проверку стараниц на индексацию в Yandex.

Эта опция смотри не на страницы, а на сайты, как я понял. Честно говоря и правильно делает. Такой объём базы поддерживать в актуальном состоянии просто не получиться у сапы физически.