Ссылки с субдомена поднимают тИЦ или нет

[locker]

Если основной в ЯКе, то считаются, также как и если основной зарегался у Яндекса как хостер

[Doc]

Все просто: если поддомен полностью самостоятельный сайт, то есть не являющийся разделом основного, то и рассматривается как отдельный, если же поддомен - раздел основного, то они рассматриваются как один сайт.
Когда в вебмастере у меня уже был добавлен основной домен и я решил добавить поддобен, раздел основного, там форум, то при добавлении яша спросил: добавляемый forum.sait.ru является разделом sait.ru все равно добавить? Таким образом, яша не двусмысленно дал понять как он относится к forum.sait.ru, как к разделу sait.ru, как к субдиректории sait.ru/forum и не более. Особенно, если все меню и блоки такие же, как и на основном домене. Именно поэтому сравнение с народ.ру не корректно, так как все сайты (большинство) создаются отдельными людьми и имеют разую суть и структуру.
Хотя возможно есть и другие способы определения тематичность, контакты ссылки друг на друга и т.д.

[Cyj]

Основная мысль в том, что бы не дать ассоциировать субдомены с основным доменом. На основной домен можно поставить какую-то незначащюю заглушку, но при этом домен не должен попасть под фильтр как припаркованный/неработающий. Если основной домен под фильтр попадет, то поддомены как правило, тоже падают...