Сайт содержит код

[MasterV]

qkowlew, согласитесь, что чудес не бывает и этот файл появляется там не по волшебству. Значит, либо в CMS есть дыра, либо есть дыра в сторонних модулях/компонентах, либо вам ранее втихаря залили шелл.
С сайтом никогда до этого проблем не было? Например, с паролями админки, хостинга, e-mail?
Проверьте свой комп на вирусы и смените ВСЕ пароли. Если админка в отдельной папке, поставьте на нее пароль. В течение месяца никакие пароли никому не давайте. Отключите в браузере и других программах на своем компе хранение паролей.
Проверьте время создания всех файлов сайта, в том числе и картинки, и если увидите аномалию проверьте их содержимое или сравните с оригинальными.
Если после этого все будет по прежнему - предъявляйте претензию разрабам CMS или сторонних компонентов.

[qkowlew]

Сообщение от MasterV

qkowlew, согласитесь, что чудес не бывает и этот файл появляется там не по волшебству.

Конечно. Это я так, брюзжу. Не обращайте внимания...

[Bortnik66]

Сообщение от MasterV

qkowlew, согласитесь, что чудес не бывает и этот файл появляется там не по волшебству.

Дыра оказалась на хосте, сейчас они латают.
Но, в итоге мы теряем клиентов, пока над сайтом чёрная завеса Яндекса.

[mouse_kill]

Периодически в паблике всплывают уязвимости под конкретные движки, модули, под используемый софт. Так что если вы параноидально не следите за обновлениями всего и вся - залитые шеллы на более-менее раскрученных ресурсах это обычное явление.
Тем более помимо перечисленного есть еще масса способов получить заразу на сайт.