Я про webmaster.yandex.ru/, кажется я понял в чём дело

Яндекс находит намного больше страниц чем есть на сйте:
две страницы такого вида:

зебра
riubki/zebra/zebra.php?title_imay=%C7%E5%
зебра в аквариуме
riubki/zebra/zebra.php?title_imay=%C7%E5%
две страницы такого вида(Это он скорей всего посчитал переходы с внутренних страниц)

и одна такого, (на сервер станицы записаны в таком виде):
riubki/zebra/zebra.php

Но это всё одна страница.

Всего где то 440 страниц загружено роботом, но в поиске все равно 250.

А гугл и вовсе насчитал примерно 1500, и такая ситуация не только у меня, при проверки сайтов, редко у кого страницы совпадают.

Дело скорей всего не в слипах, а в том, что пс видит разные варианты страниц и только в одной есть сапоссылка.

1. То, что автор CMS у Вас криворук - Вам уже сказали. :)
Конкретно объясняю:

сейчас пункты навигации выглядят (смотрим исходный текст страницы) так:

То есть title почему-то добавлен к урлу, и судя по тому, что никакого влияния на получающуюся страничку эта добавка не оказывает, это именно глупость автора CMS.

А "зад умывалось" ентим горе-автором:

В этом вариате текст, который указан в title - будет показан всплывающим тултипчиком, если посетитель наводит курсор на пункт меню.

2. В коде некоторых других бирж есть возможность указать коду биржи "игнорировать параметры после урла" (например, в лф
) и тем самым "схлопнуть" страницы

vekzotike.ru/tabl_ciulok/riubki/akantoftalmus/akantoftalmus.php
и
vekzotike.ru/tabl_ciulok/riubki/akantoftalmus/akantoftalmus.php?title_imay=Акантофтальмус аквариумная рыбка

в одну страницу с точки зрения кода биржи.

Поэтому, возможно, у Вас и осталось впечатление, что "на других биржах всё гораздо лучше, чем тут!" при работе сайта на этой CMS.

Если такая функциональность в коде сапе есть - пусть кто лучше знает, подскажет. Я пока не сталкивался с такой необходимостью (за меньшей кривостью своих сайтов). :)

Добавлено через 25 минут
Ну и смешное
vekzotike.ru/tabl_ciulok/riubki/akantoftalmus/akantoftalmus.php?title_imay=Hernya_Kakaya!

тоже работают, и title получающейся странички становится "Hernya_Kakaya!/vekzotike.ru"

Ну и вообще:
поверьте, это ОЧЕНЬ ПЛОХО - писать такой код.

Я уже написал, что это разные сытраницы, как для ПС, так и для Сапы (независимо от их содержания), так как адреса - разные.

Это грустно, так как ТС не понимает, что при обращении к несуществующей странице сайт должен отдавать 404

Эту страничку мне помогли сделать, поэтому я и не въехал сразу в чём дело.
Но проблему кажется решил, упростив код.
Теперь это выглядит так:
<?php

$array_GL = array(
"http_://vekzotike.ru/tabl_ciulok/riubki/akantoftalmus/akantoftalmus.php","Акантофтальмус",
"http_://vekzotike.ru/tabl_ciulok/riubki/ancitruc/ancitruc.php","Анцитрус",
$i=0;

for($i=0;$i<count($array_GL)/2;$i++) {
$J_1=$i*2;
$J_2=$i*2+1;
print "<a href='".$array_GL[$J_1]."'>".$array_GL[$J_2]."</a><br>";
}
?>

Вроде хвост к адресу уже не цепляет, осталось всё переписать.

цепляет. Все так же цепляет.