При отключении авторежима фильтры не снимаются, они просто перестают работать. Чтобы снять фильтр надо галочку рядом с ним убрать или нажать кнопку редактирования этого фильтра и снимать оттуда.

как пакетно (оптом) подключить только новые фильтры? или как пакетно отключить все старые фильтры?

Под формой редактирования фильтра есть список проектов, где он используется. Там можно его снять со всех или с части URL сразу.
Надо как-то изучать новые возможности интерфейса, перед тем как темы создавать.

а если много фильтров на много УРЛов навешено?? каждый ручками? неудобно.