Внимательнее читать надо :)
Хостинг один и тот же, весь контент лежит в той же самой папке.
Там может быть только один роботс.тхт, и, соответственно, только одна директива хост.

стоп, какая разница в каких папках лежит, у меня на одном хостинг-аккаунте 10 сайтов, и что ? там же лежит и зеркало, которое просто тупо припарковано. Роботс должен быть у каждого доменного имени свой.

А как в одной папке два индекса лежат тогда ?

Или у тебя такая ситуауция. Был сайт vjq.sait.ru ты решил сделать сайт вида domen.ru? ты берешь и паркуешь domen.ru на хостинг-аккаунт vjq.sait.ru. Правильно ? В корне создаешь или автоматом создается папка domen.ru? там должен быть роботс, он же должен быть и в корне vjq.sait.ru. Или у тебя другой случай ?

novmuz, у Saberа похоже оба домена ведут на одну папку.

siarzhuk,понятно, но даже на припаркованный домен на хостинге создается отдельная папка.

Alias видимо.

На обоих доменах ТИЦ после апа стал одинаковым, но, к сожалению, уменьшился примерно на 20%. Возможно(и скорее всего), это никак не связано со склейкой доменов.

novmuz, был сайт abc.def.com лежащий в /home/myuser/def.com
зарегистрировал я ghk.ru
и прописал что корень домена ghk.ru также находится в директории /home/myuser/def.com
Два домена ссылаются на одну и ту же директорию.

все правильно, но домен ghk.ru ты же припарковал ? Соответственно при парковке тоже создается дирректория, она пустая, там только cgi. Вот туда для корректности тоже роботс надо запихивать. Ведь даже после зазеркаливания будут видны оба сайта. Причем совет мне дал именно платон.

novmuz, чего заладил как попугай, припарковал, припарковал? :)
Сказал же тебе Saber, что для обоих доменов DocumentRoot один и тот же.
Примерные настройки виртуальных хостов для apache:
и
или вообще
Чего тут непонятного? Ты хоть знаешь что такое парковка домена? К чему применять термины, значение которых попросту не понимаешь? ;)

куришь ? при чем тут NameVirtualHost ? если речь идет о диррективе host в роботсе для яндекса ?

novmuz, не, парень, это ты никак вкурить не можешь. Я тебе объяснил как два домена можно привязать к одной папке и как тебе уже сказал Saber:
Если до сих пор до Вас не дошел смысл всего вышесказанного, просто продолжайте "парковать" свои домены как это делали раньше, оставаясь в полном неведении настроек апача. :-D Впрочем, если Вы берете готовый виртуальный хостинг, Вам не нужны эти подробности настроек, за Вас все это делает панель-управления хостера, поэтому, Вам и не ясен процесс настройки. Только в таком случае не лезут в дискуссии на темы, которые даже близко не знают.