Проверка проиндексированности страниц
 

Мне казалось, что при индексации сайта сапе автоматически проверяет индексированность его страниц Яндексом, и допускает лишь те, что есть в Яндексе. А вот сейчас подал на модерацию сайт, а модератор притомозил, поскольку оказалось что в Яндексе страницы далеко не все.

Что, теперь перед тем, как предложить сайт в сапе, надо вручную проверить индексированность его страниц Яндексом?

Это только вам так казалось. Удалите из системы страницы, которые не в индексе и отпишитесь модератору, что площадка готова.