Разделение блоков ссылок
 

Сделал несколько блоков, всё как полагается, но проблема в том, что некоторые блоки разделены содержимым страницы с тэгами <noindex>, т.е. если выкинуть то, что внутри тэгов, то ссылки окажутся друг под другом.
Как подобное распределение ссылок на странице будет воспринято поисковиками? Как несколько ссылок, стоящих рядом или же как два блока ссылок?

Не совсем понял, что вы имели ввиду.. Зачем выкидывать??
Поясните

имеет в виду то, что внутри тэгов индексации происходить не будет, потому для поисковиков эта часть фактически будет отсутствовать.
Т.е., скажем, пользователь видит ссылку, ниже какой-то блок информации, ниже еще ссылку.
Поисковик же видит ссылку, потом блок, который с тэгами noindex и затем еще ссылка. Будут ли им эти ссылки восприняты как рядомстоящие или он посчитает их также, как если бы они были разделены этим блоком без ноиндекса?

Имхо - второе.. ПС не анализирует и не индексирует информацию, контент (текст, ссылки и прочее).. Структура должна пониматься ботом..