Интересная запись
 

Впервые сталкиваюсь с таким:

Свободно мест: главная [0], 2-ого уровня [-1], 3-ого уровня [0]

Это получается было одно свободное место и его заняла ссылка со статусом Wait, позже докупилась ссылка, которая сразу была подтверждена и заняла ее место, т.к. там у предыдущей статус Wait (он подразумевает полупустое место?). Правильно я понял?
А что будет когда та первая ссылка подтвердится?

а вы количество мест недавно не снижали? такое часто происходит именно из-за этого. т.е. если у вас было размещено 6 ссылок, а вы снизили лимит до 5-ти, то эти же 6(!) ссылок и будут стоять пока одна из них не отвалится. вот при таком раскладе и появляются минуса. если напрягает - убейте вручную :)